Az Audi A4 elnyerte az Euro NCAP advanced elismerést is, amelyet az alapfelszereltség részét képező másodlagos ütközésvédelemnek és az extraként rendelhető Audi pre sense basic rendszernek köszönhetően érdemelt ki.
A másodlagos ütközésvédelem automatikus fékezéssel csökkenti a megcsúszás és az újabb ütközés veszélyét a balesetet követően. Az Audi pre sense basic a balesetveszélyes helyzetekben automatikusan megfeszíti a biztonsági öveket, felhúzza az oldalablakokat és becsukja a tolótetőt.
Az Audi A4 „integrált biztonságának” központi építőeleme az alapfelszereltség részét képező Audi pre sense city vezetéstámogató rendszer, amely nemcsak előre figyelmezteti a vezetőt, hanem vészfékezést is végrehajt. A rendszer 85 kilométer/óra sebességig figyeli, hogy van-e a jármű előtt másik gépjármű vagy gyalogos. Ha ütközés veszélye áll fenn, a rendszer több lépcsőben figyelmezteti a vezetőt: először hang- és fényjelzéssel figyelmeztetést ad, majd enyhe figyelmeztető fékezés következik és végül szükség esetén az automatikus vészfékezés.
A még nagyobb biztonság érdekében számos további vezetéstámogató endszerrel szerelték fel az Audi A4 típust. Ezek közé tartozik a vészhelyzetben kitérő manővert támogató rendszer (Collision Avoidance Assist), a balra kanyarodásban segítő rendszer (Turn Assist) és a kiszállás-figyelmeztető rendszer (Exit Warning). Amíg az első rendszer segíti a vezetőt az akadály kikerülésében, addig a második figyeli a szembejövő forgalmat kis sebességű balra kanyarodás során. Veszélyes helyzetben a rendszer automatikusan álló helyzetig fékezi az A4 típust, így megakadályozza a bekanyarodást.
A kiszállás-figyelmeztető rendszer minimalizálja a sérülésveszélyt az ajtók kinyitásakor. Amikor hátulról közeledő járművet érzékel a rendszer, felvillanó piros LED-ek segítségével figyelmezteti az utasokat az ajtó kinyitása előtt.
Az 1997-ben alapított NCAP (New Car Assessment Program) az újonnan piacra kerülő autók biztonsági tulajdonságait vizsgálja. A szervezet 2015-ben a frontális és az oldalirányú ütközési tesztek követelményeit jelentősen szigorította annak érdekében, hogy a valós baleseti körülményeket még pontosabban szimulálják.